但是在底稿草就之后，石越迟迟不愿意定稿。这部《论语正义》里，借着对孔子及其门人的语录的解释，不仅仅第一次清晰的提出了民本主义的概念，而且还提出了“实事求是”、“格物致知”的思想，并且超越钱穆，石越还提出了“逻辑学”的概念。对于政治体制，石越无比清楚的提到了权力制衡以及天子以下人人平等，借助对管子的议论，更提出了文化沙文主义，指出“仁”最大的目标便是让四夷同沐德化，接受华夏的思想与文化；并且数次强调国家的作用和士大夫的报负，应当是让所有的民众全部过上平等而富实的生活，并且又强调孔子认为民众有受教育的权利与义务，认为让所有人平等地接受教育懂得礼义，这是孔子毕生追求的目标之一。可以说，虽然恪于《论语》这本书的内容，石越所表达的有限，但是对现代的政治思想，他几乎都有或隐约或清楚的表达，并且其中还含糊的提到天子的设立，是用来为天下万民服务的，而不是用来统治天下万民的。
石版《论语正义》所包含的内容，一方面迎合了当时士大夫以天下为已任，与皇帝共治天下，强调个人的道德气节修养，强调华夷之辩这样的学术主流思想；但是另一方面，却也提出了许多的新概念，并且格外的重视了民众的地位与作用。虽然这是孟子早就提到过的，而当时自王安石以下——特别是以王安石为代表的“经术派”，对孟子都非常的崇敬，王安石更是以孟子自喻，但是毕竟石越的提法更加的清晰，因此也格外的显眼。而在某些事情，例如三年之丧，石越更是提出“贵在心哀，而不在于形式”这样的思想，只怕更是要引起大的讨论。
凭着谨慎的个性，石越在他不能准确判断形势之前，并不敢轻易抛出这部书来。他需要这部书给自己带来巨大的声誉，而不是巨大的争议。新的思想只能慢慢的提出来，首先必须要让士大夫中的杰出之辈能够接受，这是石越的一个宗旨。
在十二月初，石越请了十几个老先生来专门审查这部书中是否有犯忌触讳之处，然后自己和唐棣等人反复讨论，希望可以把握一下当时代的人对一些事情能够接受的感情底线，最后终于还是做了一次修改，把三年之丧之类的内容中关于批判的部分删掉，只提出一些委婉的倡议。
