孙传庭为人直爽，敢说敢于，而且在陕西打得也很不错，于是说话便有些失分寸。当他一赶到京畿前线时，就上书说：“近来疆事决裂，由计划差谬。事竣，当请决大计。”此言自然得罪了杨嗣昌。杨嗣昌从此对他不满，并开始罗织罪名进行报复，同时支持洪承畴。可是孙传庭还是敢说敢讲。当杨嗣昌等决定以洪承畴所率陕兵守卫蓟辽的计划时，孙传庭竟又反对道：
“陕西兵不能久留于此!陕西贼未彻底剿灭，陕西兵马留此不归，余贼必会死灰复燃。这是帮了李自成等贼的忙。况且陕籍士卒妻儿俱在陕西，如久留于边，陕兵必定会哗变逃归，甚至从乱。这简直就是驱逼官兵从贼!”
事实上，孙传庭此言很有道理。如果陕西的兵马不被立即抽空，那么，中原、湖广的局势也不至于会恶化到后来的地步。有人甚至说，如果不是熊文灿力主抚局，姑息养奸；如果不把孙传庭、洪承畴在大局初定时匆忙抽调出陕西前线，那么，李自成、张献忠之乱决不至于弄到后来那种不可收拾的地步!
遗憾的是，杨嗣昌根本不理睬孙传庭的建议。孙传庭则要求入见皇帝，当面向皇帝汇报。杨嗣昌担心孙传庭会在皇帝面前说不利于自己的话，于是坚决反对。孙传庭在愤恨交加之余，便以耳聋为由，上疏乞求致仕。而杨嗣昌则乘机弹劾孙传庭托疾。不明缘由的崇祯帝勃然大怒，先是把孙传庭削籍为民，同时令人察核孙传庭是否真的有病。调查者据实禀报，孙传庭是真聋而非托疾。但先入为主的崇祯帝却认为其中有诈，竟把调查者和孙传庭一起逮捕入狱。孙传庭的被捕，对当时的朝廷来讲，真是一大损失!
孙传庭一去，洪承畴自然就成了主持辽东战事的主帅。崇祯十二年（1639）十月，洪承畴以兵部尚书兼副都御史总督蓟辽军务的身份，奉命出山海关至中前所，主持辽东战局。
在此以前，朝廷鉴于清兵入侵京畿如入无人之地的窘境，认为不仅应兵多，更应兵精。在杨嗣昌的主持下，朝廷决定抽练各镇精兵。按照方案，宣府、大同、山西、延绥、宁夏、甘肃、固原、临洮8镇，以及蓟辽、保定总督所辖之畿辅、山东、河北等共应练兵73万多名。同时，朝廷还调整地方政府的官员设置，训练乡兵。为了练兵，朝廷又不得不另征练饷。十二年（1639）六月，朝廷正式下令加派练饷730余万两。
