在离开圣彼得堡市政府后，叶利钦还是没放过索布恰克，他让人给索布恰克罗织了十几个罪名，准备指控他。普京一心想帮助恩师，却无能为力。他的猎枪被没收了，唯一的消遣办法就是钓鱼。
有一次，普京见索布恰克实在太郁闷，就想陪他出去钓鱼散心。谁知索布恰克已经被软禁.普京气不过，找到最高检察院副检察长柯西金。在他的帮助下，普京又写了一纸担保书，两人这才能外出钓鱼。
索布恰克当然能看出普京这个学生对自己的忠诚，他说：“瓦洛佳，谢谢你。但如果你真想帮助我，我不要你这样追随我，更没有必要用这种方式，而要学会韬光养晦。好在你曾在克格勃工作过多年，苏联垮台时，你也没有参与夺权，叶利钦政府需要你这样的人。帮助我的最好办法是你赶快成功。”
于是，1996年8月，普京应丘拜斯之邀，前往莫斯科谋职。叶利钦十分赏识他的才华，特别是他觉得,普京强硬的政治风格跟自己很对脾气, 叶利钦当即任命普京为俄罗斯联邦安全委员会秘书。
1997年9月中旬的一天，普京得知，最高检察院已经对索布恰克的案件侦查终结，马上就要把他移交给最高法院审判了。他秘密找到索布恰克商量怎么办。索布恰克悲哀地说：“现在我是人家砧板上的鱼，还能怎么办？”
大多数人在这个时候,会选择明哲保身,毕竟大好前程就在眼前,如果帮助了老师,就意味着得罪现在的上司,亲手毁掉自己的仕途之路.更有可能会因此丢掉性命.
而普京却说“不，老师，如果没有你当年的指引，就不会有我的今天，我一定想办法救你！”索布恰克拍拍普京的肩膀说：“你有这份心意我就满足了，你现在还没有这个能力，再说如果你明着帮我，叶利钦也不会放过你。”
索布恰克的劝说并没有让普京改变心意.他满脑子想的是：如果在恩师遇难时，我袖手不管，那我还是个人吗？问题是，怎样才能帮助恩师逃出生天,他突然想到曾经在克格勃的朋友和关系，于是,一个惊天的计划在他的心里慢慢浮出了水面。
原来，1985年普京在克格勃工作时，波兰爱西波航空公司总裁 瓦涅塔那 的女儿被意大利黑手党绑架了.
瓦涅塔那只得请克格勃出面，组织上把这件事交给了普京等人。普京知道这事不能来硬的，便通过克格勃在美国黑社会的关系，找到意大利黑手党的人，很快就把事情圆满地解决了。因为这件事，瓦涅塔一直都对普京非常感激。
普京想：恩师已经被软禁了，在这种情况下，如果用一般的办法救他根本不可能，那能不能跟瓦涅塔那借一架飞机，直接把恩师送往国外呢？
普京很快就秘密找到了瓦涅塔那，把自己的想法说了出来。没想到瓦涅塔那却顾虑重重，因为波兰跟俄罗斯离得非常近，他的航空公司有将近一半的业务跟俄罗斯有关，他担心如果因为这事得罪了叶利钦，自己的损失就太大了。
