子域名和目录都有各自的优缺点，或许在某种特定情况下，谁都不占优势。从SEO角度看，目录比子域名更容易优化；但当公司的多个产品形成一定的品牌后，子域名比目录适合，具体情况具体分析。
搜索引擎通常会把子域名（或称为二级域名）当着一个基本独立的站点看待，也就是说www.a.com和a.a.com是两个相互独立的网站，而目录www.a.com/a/纯粹是www.a.com的一部分。
顺便说一句，www.a.com其实是a.com的一个子域名，只是约定俗成，网站一般以www.a.com为主的URL。
如果抛开其他因素，只看这两个URL：
http://a.a.com
http://www.a.com/a/
子域名a.a.com的权重稍微高一点，因为搜索引擎会把这个URL当着网站的首页。另外很多人观察到，主域名很多时候会传递一小部分信任度（不是PR值）给子域名。
单从URL来看，子域名比目录天生权重和排名能力稍微高一点。但从SEO角度看，目录可能比子域名更适合做优化。
子域名和主域名是两个完全不同的网站，这给SEO优化工作增加了一定的难度，尤其是外部链接建设，网站PR值、权重都会被这两个独立的网站分散。
主域名经过外链建设获得高权重，不意味着子域名就获得了高权重。
子域名的使用会使网站变多，同时也会使每个子域名网站变小。
目录会使一个网站越做越大，网站越大，包含的内容就越多，对用户的帮助就越大，它所累积的信任度就更高。
当然，这只是对一般网站而言。在某些情况下，子域名更适合做优化。比如：
1、网站内容足够多，每个子域名下涵盖的内容足以成为一个独立的网站，诸如各类门户网站。
2、跨国公司不同国家的分部或分公司，采取子域名有利于建立自己的品牌。各个分公司的网站内容由不同国家的团队自行维护，因地制宜。
3、公司有不同的产品线，且相互之间联系不大，或完全是以不同的品牌出现，每个品牌或者产品线可以用子域名或者独立域名。
如新浪博客、邮箱、微博、新闻、爱问及看点等，都是以子域名或者独立域名形式存在的。
4、分类信息网站，不同城市使用不同的子域名。分类信息网站通常都有海量的数据，某一省份或者城市都能独立成站。
不同的子域名有不同的发展目标和安排，管理也是由不同的团队操作的。
5、平台类网站，如B2B和淘宝类的商城。每个用户都有自己相对独立的展示平台，使用自己的子域名对品牌建设、推广有好处。
除了网站规模和类型，子域名和目录的选择有时候还得看其他情况。
比如公司的定位和商业模式，或者经济实力及对线上获客的投入力度，都或多或少会影响子域名和目录的使用情况。
