崇祯九年（1636），黄道周再次被起用。至崇祯十一年（1638）六月，当时已是日讲官、少詹事的黄道周，与杨嗣昌等一起被廷推为阁臣，由崇祯帝作最后定夺。崇祯帝圈定杨嗣昌等人入阁，却把呼声很高的黄道周排除在外，颇出人意料。不久，黄道周便连上3疏，分别攻击杨嗣昌夺情恋位、陈新甲(原为逆案中人，由杨嗣昌重新起用)走邪径、辽东巡抚方一藻主和议等，措辞相当激烈。
崇祯帝则认为，黄道周此举，是与他未能入阁有关。于是，崇祯帝便把他下到吏部，由吏部议其外遣。不过，崇祯帝在不久后召见内阁及部院大臣时，又与黄道周发生了激烈冲突，从中不难看出崇祯帝对清流的心态。
当时崇祯帝责问黄道周说：“凡无所为而为者，谓之天理；有所为而为者，谓之人欲。你的三个奏疏是在你廷推不成（没有入阁）后上的，这能说是无所为吗?”
崇祯帝的意思很明确，就是说你黄道周上此3疏，是有所为而为者，目的就是为了表达你未能入阁之怨气。
没想到黄道周立即反驳道：“天、人止是义、利，臣心为国家，不为功名，自信是无所为!”
崇祯帝反问道：“上个月陈新甲被起用时，你为什么不讲?”
黄道周随口就说：“当时御史林兰友、给事何楷都已上疏弹劾，我与他们是同乡，担心涉结党嫌疑。”
崇祯帝反唇相讥：“难道现在就无嫌疑?”
黄道周接着便说：“天下纲常，边疆大计，今天不讲，后面就无机会，并不是出于私心。”
至此，崇祯帝已不想再与他争下去，便教训道：“清固美德，但也不可过分。”
未料黄道周仍不依不饶，把矛头直指杨嗣昌，说他是不孝不悌。杨嗣昌正在走红，哪里能忍受这种言语，便愤而出奏，称自己是先国后家，并反过来指责黄道周说：你黄道周的道德学问，本人向来钦佩，而你却自称不如郑鄤，还谈什么纲常伦理!
