1999年开始，国家层面推动供销合作社市场化改革解决亏损问题。
1999年，《国务院关于解决当前供销合作社几个突出问题的通知》正式出台，供销合作社的工作重点转向了扭亏增盈。2000年全系统扭亏为盈，当年系统汇总实现利润13.77亿元。2001年，情况进一步好转，汇总实现利润16.39亿元，2002年达到28.6亿元。
供销社系统市场化改革主要措施有两个方面：社企分开，在供销社系统中引入现代企业制度；以发展现代物流网络为核心，拓展供销社业务范围。
核心内容包括“四项改造”，即以参与农业产业化经营改造基层社，以实行产权多元化改造社有企业，以实现社企分开、开放办社改造联合社，以发展现代经营方式改造经营网络。
1.3 2006—2012年：重点发展流通服务网络
在供销社扭亏为赢解决了“生存”问题后，2006年开始，中央层面推动支持供销社系统重点发展流通服务网络。
供销社面临流通设施亟需升级、系统网络不够健全等问题。市场化私营经济兴起，取代了原有供销社在农村的商业流通渠道，然而市场化私营经济也带来了一系列问题，例如假冒伪劣商品。
2006年开始中央出台文件支持“新网工程”。
“新网工程”即建设新农村现代流通服务网络工程。2006年5月，时任副总理回良玉听取了供销合作总社领导关于供销合作社建设“新网工程”的汇报。随后国务院办公厅下发“国阅[2006]52号”文件予以确认。后续多年中央一号文件均予以强调。
文件明确了“新网工程”建设的“四大网络”：建设农业生产资料现代经营服务网络、农副产品市场购销网络、日用消费品现代经营网络、再生资源回收利用网络。
2007年开始中央财政设立“新网工程”专项资金。截止2012年底，中央财政共投入专项资金47.5亿元。供销合作社系统“新网工程”建设在促进农村商品流通、引导农民消费、增加农民就业等方面作用日益体现，成为地方政府“三农”工作的重要抓手。
借助流通合作网络，供销社成为各级政府积极扩大内需、强化“三农”工作的重要平台。供销合作社网络在“农超对接”、各地“菜篮子”建设，包括在商务部“万村千乡”、“双百”工程中都发挥着举足轻重的作用。
1.4 2013年至今，加速发展服务乡村振兴
2013年后，供销社定位更为突出“为农服务”，逐渐成为乡村振兴的重要抓手。供销社系统获得大量政策文件关注与资金支持，进入快速发展阶段。
2013年，习近平总书记在中央农村工作会议上要求继续办好供销合作社，发挥其独特优势和重要作用。强调“供销合作社要坚持从”三农“工作大局出发，牢记为农服务根本宗旨……加快成为服务农民生产生活的综合平台……努力为推进乡村振兴贡献力量……”。
