吴甡于是上疏崇祯帝，请拨精兵3万，而且还要有敢战之将率领。其理由是，湖广左良玉部军纪败坏，不肯用命，如单派他孤身前往，等于就是无兵之帅，难以有所作为。不仅如此，吴甡还提出了一个保守的进兵方案，说自己先赴金陵，用自己的精兵先胁制住左良玉后，再进兵湖广，与陕西孙传庭夹击李自成。
崇祯帝看到此疏，自然很不高兴，便把此疏留中不发。吴甡要求呈见，以便当面解释。第二天，崇祯帝便在文昭阁召见了吴甡。
崇祯帝开门见山，批评吴甡说：“昨天先生之疏，需兵太多，仓猝之间，哪里去调集?南京与湖广相隔太远，似乎也不是退守之地。”
他还为左良玉作了辩护，说左良玉之退，也是因为地方官不为他筹措粮饷。此支劲旅可供先生之用。吴甡则据理力争：
“左良玉的跋扈，人人皆知，昔年杨嗣昌九檄征调左兵，左竟一兵不发!臣不如杨嗣昌，而左良玉更是今非昔比。如不能节制，则损威重。再说自襄阳顺流可直达南京，易如反掌，因此臣是兼顾南京，而不是退守。”
吴甡当时十分清楚，如果自己不带兵南下，将肯定是一事无成，所以他在这一点上绝不让步。而崇祯帝则认为，到了现在这种地步，你叫我哪里去调这么多兵?况且左良玉的20万大军，如果处置得当，也不是不可用。正当双方僵持不下时，次辅陈演插进来帮皇帝打圆场，说了一句：
“督师出，则督抚之兵皆其兵也!”
吴甡一听，立即回敬道：
“次辅读书中秘，不熟悉军旅，我之所以要请兵，正是因为督抚手中无兵。”
他于是列举了河南总督只有数十名随员，河南巡抚也仅剩下标营千人，湖广巡抚更是两手空空等例子，来说明督抚已无兵可用。
崇祯帝只得令兵部速议发兵。可是兵部也已无兵可调，最后只得拟拨总兵唐通部、马科部及京营兵共1万人，交吴甡指挥。可是唐通当时正率部与入侵的清兵作战，无法抽身，于是吴甡便不肯赴任，在京坐等。
