崇祯帝十分希望吴甡能立即赴任，而吴甡也下定决心，手下无兵，决不督师。崇祯帝对此十分不满。不久，首辅周延儒自请督师，朝受命而夕启行；陕西总督孙传庭上疏主动请战，要统兵东出潼关。两位的做法让崇祯帝大感满意，相比之下，更加深了对吴甡的不满。就在此时，那位被吴甡奚落过的次辅陈演，不失时机，再次向皇帝提出，唐通肩负京师拱卫重任，不能轻调，同时也顺手把孙传庭的奋勇直前和吴甡的畏葸不前作了一些对比。忍耐已到了极限的崇祯帝，终于发作了。
当时，已与崇祯帝抗争了2个月的吴甡，也感到不能再抗，准备赴任。临行前一天，吴甡犒劳随从兵马，崇祯帝还令宦官赐银牌给赏。然而到了第二天，崇祯帝突然下诏，令吴甡速进宫入直。吴甡顿感不妙，连上两疏辞职。崇祯帝也就顺水推舟，不予挽留，准其致仕。吴甡自以为脱掉了枷锁，没想到后来还是被重惩。八月，崇祯帝以吴甡延误师期，导致武昌失守的罪名，令锦衣卫把吴甡逮捕入京，论罪遣戍云南金齿卫。
崇祯帝之所以肯准允吴甡致仕，还有另外一个原因，那就是他已决定重用孙传庭了。五月，他令孙传庭兼督河南、四川。不久，又进孙传庭为兵部尚书，改任督师，总制应天、凤阳、河南、湖广、四川、贵州军务，仍兼督三边，赐尚方宝剑。他这次又把宝押到了孙传庭身上。
他一方面要孙传庭迅速出兵，一方面又做出了很多姿态。他再一次下了“罪己诏”，并宣布免河南5府3年田租，而事实上那时的河南早就不在朝廷控制之下了。他还下了赏格：“擒李自成者，赏万金，爵通侯；擒张献忠者，官极品，世袭锦衣卫指挥使。”此时的崇祯帝，似乎仍没有认清形势，反而像一个赌红了眼的赌徒，梦想再作最后一搏。
他当时的本钱就是孙传庭。因此，他一再严令孙传庭率兵出关，主动出击。
而在当时朝廷的文武官员中，对孙传庭是否出关是有分歧的。有少数官员抱着与崇祯帝一样的幻想，希望孙传庭出关作战，能与左良玉部形成夹击之势。而左良玉部也在朝廷严令之下，于六月向西挺进。也有一些陕西籍官员希望孙传庭能早日出关，以减轻陕西的负担。不过，绝大部分官员却认为出关是冒险之举，一旦失败，不仅陕西不保，而且会危及全局，所以他们力主孙传庭呆在陕西不动，视形势变化再作决断。
