在军事上，朝廷和各路地方武装并没有犯什么重大错误，他们的封堵战略十分成功。乾符五年（公元878年），镇海节度使高骈首先把黄巢的锋芒逼住，迫使其转向浙江并南下福建、岭南。当黄巢从桂州沿湘江北上时，在荆门又为襄阳节度使刘巨容和江西招讨使曹全重创，不得不取消直取中原的计划，改道东进。朝廷也不是不想保住淮南和南方的几个重要的财赋重镇，一直采取各种方法不让黄巢进占扬州和广州。可是，中央政权的安危和天子的地位始终是第一位的，在两难的情况下，只有先保住哪怕是观念上的政权再说，所以要坚守江淮防线，就只能让黄巢横扫南方，这是无可奈何的事。其实，任何一种政权都不得不如此作为，尽管这是再愚蠢不过的短期行为了。朝廷在军事策略上既没有严重的失误，那么，局面弄到这一步，完全是原则上的问题。
广明元年（公元880年）七月，黄巢终于在采石渡过长江，进围扬州。沿江防线的最主要干将淮南节度使高骈在这个节骨眼上放弃了抵抗，坚城不出。九月，黄巢乘胜渡淮，直指东都，帝国的军事行动彻底失败。高骈出身禁军世家，早年在西南一带任职，曾大破南诏的入侵。乾符四年（公元877年）调到江南后，最初在征讨的王仙芝部众时成绩显著，他也是后来执行朝廷围堵方针，迫使黄巢南窜岭南的最主要功臣。这样一个朝廷寄予了莫大厚望的人，关键时刻竟然不敢应战，说起来是大有原因的。
表面看来好像是高骈心有怨气。原来，在广明元年（公元880年）三月，由宰相卢携的保举，高骈出任诸道行营都统，负责堵截黄巢。上任之后，高骈传檄四方，募得淮南与诸道兵马近七万人，声威大振，一时屡挫农民军。就在此时，黄巢使了一个缓兵之计，上表请降。高骈以为黄巢坚持不了多久，此时此刻岂能让外人分功，于是便遣散了各地军马。这一来，让黄巢得计，五月，大破高骈之众，阵前斩杀高骈大将张璘，乘胜渡江攻占天长、六合等县。高骈上表告急，朝廷下诏，严责其遣散诸道兵之不当，惹得高骈一气之下，称病不战。但这只是其然而不是其所以然。
经济的崩溃和吏治的败坏，使得帝国中央的实力再也不像从前了。由于官军的寡弱，所以平乱剿贼不仅必须征募兵士，尚需大力依赖地方自卫武装。而天子和帝国的威望大跌，先前的那种勤王扶政的正统观念在人们心中越来越淡薄，天子登高一呼，四方之师云集的局面尽管存在，可性质已发生了变化。崛起的藩镇大多出身于盗寇和地方军将，其地方割据的本性是与身俱来的，因而在国家危难时期对王室的忠实程度上便有很大的折扣，即使如高骈这些官宦出身之辈，在这种分崩离析的关头，也免不了心怀异志，更遑论那些地方军将和割据藩镇了。要靠此辈完成匡复国家的重任，那实在是要打上一个问号。
