蔡邕觉得自己已经深深地卷入了朝政，无法超脱，忧患也悄悄地包围了自己。
延熹四年(175)，蔡邕和同事们校勘五经的工作告一段落，他们发现，帝国的学术存在着很大的症结。帝国自孝文皇帝诏收天下书籍，抢救秦火余烬；孝武皇帝听从董仲舒更化之策，独尊儒术以来，《诗》、《书》、《礼》、《易》、《春秋》五经博士渐得确立，帝国的各级教育体系和文官储备体系渐得完善。不过，帝国以五经试用文官，有一件麻烦事一直没有解决，那就是《五经》没有定本。
大汉立国之初，先王典籍多从秦代存活下来，从能背诵和传授全文的学者口中抢救出来，因为秦帝国的挟书令至为严厉，简册化为飞灰。可是，记忆力因人而异，加之方言、人老牙缺等等原因，记录下来的文本自然有出入。帝国一心恢复文教，胸怀又至大至厚，因此往往一部经典，因文本的不同，并立数家博士，俱为学官。至孝宣皇帝朝，五经各有三家博士，这些博士所传经典，皆用帝国通行的隶书写成，故称今文经学。出于学术和仕途的考虑，各家博士不仅严格门户，而且相互争论，都说自己的文本出自圣人亲裁。孝宣皇帝没有办法，干脆让大家到石渠阁开会，并且亲自来作决断。除了开会，就是组织学者到皇家图书馆，将收罗到的各种经典文本互相比较，取长补短，搞出一个官方的定本，作为考试的依据。
孝成皇帝河平三年，诏光禄大夫刘向等人校订皇家图书。刘向又让小儿子刘歆协助自己的工作。父子俩领着一帮学者一干就是二十年。刘向病死后，孝哀皇帝让刘歆继续主持。这个刘向父子在校书时，发现图书馆里藏有许多秦帝国没有烧毁的简册，当中有五经的文本。这些本子用先秦的文字——六国古文写成，有些经典或传记甚至是学官的文本中所不具备的。刘歆经过调查，得知这些本子有的来自民间的进献，有的来自考古发现，其中的一些，已经由先朝学者与今文典籍作过比较。刘歆来了兴趣，他开始校勘，最后，他相信这些古文的文本要比今文的文本可靠得多，于是他提出将古文也立为学官。在与博士官们辩论之后，刘歆失败了，因为他太幼稚了，仅仅将经学看成了一个学术问题。帝国已经有这么多人靠经学吃饭，不能再容忍别人来抢饭碗了。再则，古文的文本尚未得到全部系统地整理，研究和传授系统没有确立，古文又为秦李斯统一小篆前的六国书体，识者寥寥。更重要的是，帝国确立经学的目的，本不专为学术，而是树立帝国的政教大纲，因此，经典的文本是否与圣人接近是一回事，而对经典的解释、宣传和活学活用则是更重要的事。帝国所立学官，皆有一套能够指导现实政治之术，甚至以《禹贡》治理黄河，以《洪范》察知天变，以《春秋》判决案件，以《诗三百》当作谏书。这种庸俗化的应用，在帝国拨乱反正、创设文教的过程中，却极具生命力。而古文经典，则缺乏这种功能。
